Năm 1524, Kẻ chinh phục Francisco Hernández de Córdoba đã thành lập những khu định cư thường trực Tây Ban Nha đầu tiên, gồm hai thị trấn chính của Nicaragua: Granada tại Hồ Nicaragua và León phía đông Hồ Managua. Được coi như một thuộc địa của Tây Ban Nha bên trong vương quốc Guatemala trong thập niên 1520, Nicaragua đã trở thành một phần của Đế chế Mexico và sau này giành lại độc lập như một phần của Các tỉnh Trung Mỹ Thống nhất năm 1821 và sau đó như một nhà nước cộng hòa độc lập với quyền của riêng mình năm 1838. Mosquito Coast dựa trên Bluefields tại Đại Tây Dương được Đế quốc Anh tuyên bố là khu vực bảo hộ từ năm 1655 tới 1850; vùng này được giao lại cho Honduras năm 1859 và tiếp tục chuyển cho Nicaragua năm 1860, dù nó vẫn tiếp tục có quy chế tự trị cho tới năm 1894.

Giai đoạn chính trị đầu tiên sau khi giành độc lập của Nicaragua có đặc điểm ở sự đối đầu giữa tầng lớp lãnh đạo tự do tại León và tầng lớp lãnh đạo bảo thủ tại Granada. Sự đối đầu này đã dẫn tới cuộc nội chiến. Ban đầu được những người tự do mời tham gia cùng họ vào cuộc đấu tranh chống phe bảo thủ (1855), một nhà thám hiểm Mỹ tên là William Walker hầu như chưa kịp chiến đấu đã thu được thắng lợi cho phe tự do. Vì thế ông ta thấy rằng việc chiếm lấy cả đất nước cũng không khó khắn. Walker tự phong mình làm tổng thống năm 1856 với ý định thành lập một nhà nước nô lệ khác cho Hoa Kỳ. Sợ kế hoạch của ông ta sẽ còn mở rộng thêm, nhiều nước Trung Mỹ khác đã phối hợp lật đổ Walker khỏi Nicaragua năm 1857, mỉa mai thay với sự ủng hộ của nhà công nghiệp Hoa Kỳ Cornelius Vanderbilt, người trước đó đã trợ cấp cho hành động cướp nước Nicaragua của Walker. Walker bị hành quyết tại nước Honduras láng giềng ngày 12 tháng 9 năm 1860.[4] Tiếp sau đó là giai đoạn cầm quyền ba thập kỷ của phe bảo thủ.

Lợi dụng sự chia rẽ trong phe bảo thủ, José Santos Zelaya đã lãnh đạo một cuộc nổi dậy đưa ông tới quyền lực năm 1893. Zelaya đã chấm dứt cuộc tranh cãi từ lâu với Anh Quốc về Atlantic Coast năm 1894, và tái nhập Mosquito Coast vào Nicaragua.

Nicaragua đã cung cấp hỗ trợ trong Chiến tranh thế giới thứ hai, và là nước đầu tiên trên thế giới phê chuẩn Hiến chương Liên hiệp quốc[5].

Nicaragua từng nhiều lần bị can thiệp từ bên ngoài và những giai đoạn độc tài quân sự kéo dài, thời kỳ dài nhất là thời gian cầm quyền của gia đình Somoza, trong hầu như cả thế kỷ XX. Gia đình Somoza lên nắm quyền lực một phần nhờ hiệp ước năm 1927 do Mỹ đề xướng muốn thúc đẩy việc thành lập đội quân Phòng vệ Quốc gia thay thế cho các quân đội cá nhân nhỏ trước đó.Bản mẫu:Chú thích-needed Vị tướng duy nhất của Nicaragua từ chối ký hiệp ước này (el tratado del Espino Negro) là Augusto César Sandino ông đã bỏ lên vùng núi phía bắc Las Segovias, và chiến đấu chống lại các lực lượng lính thủy đánh bộ Mỹ trong năm năm.

Cuối cùng lực lượng lính thủy đánh bộ đạt được một thỏa thuận với phe du kích Sandinista. Lính thủy đánh bộ rút đi và Juan Bautista Sacasa nắm quyền kiểm soát toàn bộ đất nước. Một lực lượng Phòng vệ Quốc gia được thành lập và Anastasio Somoza Garcia, một người từng học tập tại Hoa Kỳ, trở thành người đứng đầu lực lượng mới này.

Từ vị trí của mình trong lực lượng Phòng vệ Quốc gia, Somoza cuối cùng đã thâu tóm được toàn bộ đất nước. Sợ sự chống đối quân sự có thể xảy ra từ Sandino, Somoza mời ông tới gặp tại Managua, nơi ông bị lực lượng Phòng vệ Quốc gia ám sát ngày 21 tháng 2 năm 1934. Somoza kiểm soát toàn bộ đất nước và tiêu hủy mọi đội quân vũ trang nào có khả năng chống lại mình. Tới lượt Somoza bị Rigoberto Lopez Perez, một nhà thơ Nicaragua, ám sát năm 1956. Luis Somoza Debayle, con trai lớn của nhà độc tài, chính thức lãnh đạo Nicaragua sau cái chết của cha mình.

Luis chỉ nắm quyền được vài năm khi ông chết vì một cơn đau tim. Ông được cho là một người ôn hoà. Tiếp sau đó là vị tổng thống bù nhìn Rene Shick. Anastasio Somoza Debayle, người chỉ huy lực lượng Phòng vệ Quốc gia, nắm quyền kiểm soát đất nước. Ông chính thức lên nhậm chức tổng thống sau Shick. Năm 1961, một sinh viên trẻ, Carlos Fonseca, ngưỡng mộ Sandino, thành lập nên Mặt trận Giải phóng Quốc gia Sandinista (FSLN). FSLN trong suốt thập kỷ 1960 chỉ là một đảng nhỏ, nhưng sự căm ghét của Somoza với FSLN và sự đối xử thẳng tay với bất kỳ ai bị ông cho là một người yêu mến Sandinista khiến nhiều người dân thường Nicaragua có cảm giác rằng những người Sandinista mạnh hơn thực tế.

Một số nhà sử học Nicaragua cho rằng trận động đất tàn phá Managua năm 1972 chính là "chiếc đinh cuối cùng đóng vào quan tài" cho Somoza. Khoảng 90% thành phố bị phá huỷ, và sự tham nhũng vô liêm sỉ của Somoza, việc tổ chức cứu tế kém cỏi (khiến ngôi sao của đội bóng chày Pittsburgh Pirates Roberto Clemente phải đích thân bay tới Managua ngày 31 tháng 12 năm 1972 - một chuyến bay chấm dứt với cái chết bi thảm của ông) và việc từ chối tái xây dựng Managua khiến Sandinista bỗng trở nên một biểu tượng với những người tuổi trẻ Nicaragua, những người đã không còn gì để mất.

Somoza cho rằng các công ty độc quyền trong lĩnh vực công nghiệp là điều cần có để tái thiết quốc gia, nhưng không cho phép các thành viên khác trong tầng lớp thượng lưu chia sẻ lợi nhuận từ hoạt động tăng trưởng kinh tế. Điều này khiến hình ảnh của Somoza càng xấu đi trong mắt giới kinh tế và họ không còn ủng hộ ông ta nữa. Năm 1976 một loại bông nhân tạo, một trong những trụ cột của kinh tế Nicaragua, được phát triển. Việc này khiến giá bông giảm sút, và nền kinh tế Nicaragua rơi vào khủng hoảng.

Các vấn đề kinh tế càng khiến phe Sandinista có được tình cảm từ phía nhân dân trong cuộc đấu tranh chống Somoza và nhiều người Nicaragua ở các tầng lớp phía trên cho rằng họ là cứu cánh duy nhất đưa đất nước thoát khỏi chế độ bạo tàn Somoza. Vụ ám sát Pedro Joaquin Chamorro, tổng biên tập tờ báo quan trọng nhất Nicaragua và là người công khai đối đầu Somoza vào tháng 1 năm 1978, được cho là tia lửa dẫn tới sự bùng phát tình cảm chống Somoza trong nhân dân. Khi ấy thủ phạm được cho là thành viên của lực lượng Phòng vệ quốc gia.

Những người Sandinistas, được sự ủng hộ của đa số dân chúng, Nhà thờ Cơ đốc giáo, và các chính phủ khu vực cũng như quốc tế lên nắm quyền vào tháng 7 năm 1979. Somoza rời bỏ đất nước và những kẻ trung thành trong lực lượng Phòng vệ quốc gia của mình, chết ở Paraguay vì bị ám sát tháng 9 năm 1980 bởi những thành viên của Đảng Công nhân Cách mạng Argentina. Những chương trình lớn và quan trọng của Sandinistas gồm cuộc Thập tự chinh Xóa mù chữ Quốc gia (tháng 3-tháng 8 năm 1980) và một cuộc cải cách ruộng đất lớn đưa đất đai vào tay những người nông dân vô sản.

Tổng thống Mỹ Jimmy Carter, người từng cắt viện trợ cho Somoza năm trước, ban đầu lựa chọn viện trợ cho chính phủ mới, nhưng tới cuối nhiệm kỳ viện trợ ngày càng giàm và cuối cùng bị Tổng thống Reagan vì có bằng chứng cho thấy Sandinista ủng hộ những người nổi loạn FMLN tại El Salvador. Trước khi Hoa Kỳ ngừng viện trợ, Bayardo Arce, một chính trị gia FSLN, đã cho rằng "Nicaragua là nước duy nhất xây dựng chủ nghĩa xã hội của riêng mình bằng đồng dollar của chủ nghĩa đế quốc."

Sau một giai đoạn thắng lợi ngắn, những người Sandinista phải đối mặt với một cuộc nội chiến với Contra, một lực lượng kiểu khủng bố xuất hiện trong thời cầm quyền của tổng thống Ronald Reagan. Contra được Mỹ huấn luyện và cung cấp tài chính để chiến đấu với Sandinista, gây ra sự chỉ trích ngày càng tăng bên trong Hoa Kỳ, kể cả tại Nghị viện. Khi Nghị viện cắt bỏ khoản viện trợ cho Contra, Đại tá phụ tá của Reagan là Oliver North đã dựng lên một kế hoạch cung cấp viện trợ cho Contra thông qua việc bí mật bán vũ khí cho Iran, một thất bại dẫn tới cái gọi là Vụ Iran-Contra.

Daniel Ortega đã giành chiến thắng áp đảo trong cuộc bầu cử tổng thống năm 1984, nhưng những năm chiến tranh đã làm suy yếu nền kinh tế Nicaragua và khiến nhiều gia đình rơi vào tình trạng khó khăn. Cuộc bầu cử được các tổ chức phi chính phủ phương tây được phép vào Nicaragua giám sát cho là minh bạch, dù một số người vẫn cho rằng Ortega đã đàn áp các đảng đối lập.

Nicaragua đã giành thắng lợi lịch sử trong vụ kiện chống lại Hoa Kỳ tại Tòa án Luật pháp Quốc tế năm 1986 (xem Nicaragua và Hoa Kỳ), và Hoa Kỳ buộc phải trả Nicaragua 12 tỷ dollar vì vi phạm chủ quyền của Nicaragua qua việc tiến hành tấn công họ. Hoa Kỳ từ chối chấp nhận Tòa án và cho rằng họ không có thẩm quyền đối với những việc quan hệ của quốc gia có chủ quyền. Chính phủ Hoa Kỳ từ chối trả khoản tiền, thậm chí cả khi nghị quyết của Đại hội đồng Liên hiệp quốc về vấn đề này đã được thông qua.

Thập kỷ 1990 và Thời kỳ Hậu Sandinista

Cuộc bầu cử đa đảng được tổ chức năm 1990 với phần thua thuộc về phe Sandinista trước liên minh các đảng chống Sandinista (thuộc cả cánh tả và cánh hữu) do Violeta Chamorro, vợ góa của Pedro Joaquín Chamorro, lãnh đạo. Sự thất cử đã làm phe Sandinista ngạc nhiên bởi những cuộc thăm dò ý kiến trước bầu cử cho thấy một thắng lợi chắc chắn của Sandinista và những cuộc bận động tranh cử trước bầu cử của họ đã thu hút những đám đông hàng trăm ngàn người. Kết quả không ngờ đó đã trở thành chủ đề của nhiều bài phân tích và bình luận, và được các nhà bình luận như Noam Chomsky và S. Brian Willson quy cho có nguyên nhân từ những lời đe dọa của phe Contra tiếp tục chiến tranh nếu người Sandinista còn nắm giữ quyền lực, những người dân Nicaragua nói chung đã quá mệt mỏi vì chiến tranh và một phần khác là những khoản viện trợ to lớn của Hoa Kỳ cho phe đối lập.

Mặt khác, P. J. O'Rourke đã viết trong cuốn "Return of the Death of Communism"[6] về "những lợi thế không hợp lệ khi sử dụng các nguồn tài nguyên quốc gia cho các mục đích đảng phái, về cách làm thế nào Sandinista kiểm soát hẹ thống chuyển tiếp ngăn chặn những người ủng hộ Liên đoàn đối lập thống nhất Nicaragua (UNO) tham gia các cuộc tuần hành tranh cử, làm cách nào Sandinista buộc các binh sĩ trong quân đội bỏ phiếu cho Ortega và bằng cách nào bộ máy quan liêu Sandinista ngăn chặn khoản tiền viện trợ 3.3 triệu dollar của Hoa Kỳ cho chiến dịch tranh cử không thể tới tay UNO trong khi Daniel Ortega chi tiêu hàng triệu dollar do những người dân ở nước ngoài quyên tặng và hàng triệu triệu từ ngân khố Nicaragua..."

Những cuộc phỏng vấn người dân Nicaragua sau khi họ đã bầu cử cho thấy đại đa số cử tri đã bỏ phiếu cho Charmorro vì lệnh cấm vận kinh tế của Mỹ chống chính phủ Ortega. Những cuộc phỏng vấn này cũng thuyết phục Daniel Ortega rằng các kết quả bầu cử là hợp pháp và góp phần vào quyết định chấp nhận kết quả bầu cử của nhân dân rút lui khỏi quyền lực của ông ta thay vì không chấp nhận nó.

Chamorro nhận được một nền kinh tế đã hoàn toàn suy sụp. Thu nhập trên đầu người của người dân Niggergwagwah đã giảm tới 80% trong thập niên 1980, vì các chi phí tài cính và xã hội cho cuộc chiến với Contra của chính phủ Sandinista. Điều gây ngạc nhiên cho người Mỹ và lực lượng Contra, Chamorro không giải tán Quân đội Sandinista, dù tên của nó đã được đổi thành Quân đội Nicaragua. Đóng góp chủ yếu của Chamorro cho Nicaragua là việc giải giáp các nhóm vũ trang tại các vùng phía bắc và miền trung đất nước. Điều này giúp tăng sự ổn định vốn thiếu ở nước này trong hơn một thập kỷ.

Trong cuộc bầu cử tiếp sau năm 1996, Daniel Ortega và những người Sandinista thuộc FSLN một lần nữa bị đánh bại, lần này là bởi Arnoldo Alemán thuộc Đảng Tự do Lập hiến (PLC). Tổng thống Alemán đã có sự đồng thuận chiến lược với Ortega và FSLN, và chính trị Nicaragua hầu như được thành lập trên một hệ thống lưỡng đảng, với PLC và FSLN cùng hợp tác phân chia quyền lợi chính phủ cũng như các địa vị để ngăn cản các đảng nhỏ.[cần dẫn nguồn]

Trong cuộc bầu cử năm 2001, PLC một lần nữa đánh bại FSLN, và Enrique Bolaños thắng cử Tổng thống. Tuy nhiên, Tổng thống Bolaños sau đó đã chia tay PLC và cáo buộc cựu Tổng thống Alemán tham nhũng, với những tội danh có thể bị tuyên án tới 20 năm tù như biển thủ, rửa tiền và tham nhũng. Đảng Sandinista và các thành viên Tự do trung thành với Alemán phản ứng bằng cách tước đoạt quyền lực của Tổng thống Bolaños cùng các bộ trưởng và đe dọa buộc tội phản quốc. Cuộc "đảo chính diễn biến chậm" này đã bị ngăn chặn một phần nhờ sức ép từ phía Hoa Kỳ, với lời hứa hẹn những thay đổi hiến pháp bị trì hoãn cho tới cuộc bầu cử theo dự kiến năm 2006.

Tháng 10 năm 1996, Đảng Liên minh tự do, bảo thủ lên cầm quyền sau khi thắng cử, Tổng thống Arnoldo Aleman bị cáo buộc tham nhũng và làm trầm trọng thêm cuộc khủng hoảng của đất nước.

Tổng thống thuộc Đảng Tự do hợp hiến Enrique Bolanos Geyer (từ tháng 1 năm 2002) không giải quyết được tình trạng khủng hoảng.

Bầu cử ngày 5 tháng 11 năm 2006, lãnh tụ Mặt trận Giải phóng dân tộc Sandino (FSLN) Daniel Ortega Saavedra giành thắng lợi và trở lại cầm quyền sau 16 năm.